Contre les maladies émergentes, l’éleveur est au centre de la lutte

FCO, MHE, DNC. Ces sigles aujourd’hui connus de tous les éleveurs désignent des maladies émergentes dont ils ignoraient tout il n’y a pas si longtemps. Elles sont apparues récemment en Europe et en France, en 2023 pour la MHE, 2025 pour la DNC. Une maladie est dite « émergente » lorsque « son incidence réelle augmente de manière significative dans une population donnée, d’une région donnée et durant une période donnée, par rapport à une situation épidémiologique habituelle ».

Il n’y a pas de doute sur le fait que cette série va se poursuivre. « Les facteurs d’émergence sont nombreux et des maladies inconnues ou nouvelles en France apparaîtront. La question n’est pas de savoir quand, mais si l’on se sera donné les moyens de les dépister », analyse Éric Collin, vétérinaire à la retraite, ancien président de la commission épidémiologie de la SNGTV, dont il est actuellement référent pour les maladies émergentes. C’est lui qui a décrit les premiers cas d’ESB (encéphalopathie spongiforme bovine) en 1991 et participé à la création du premier réseau de surveillance clinique d’une maladie émergente.

Un effet des comportements humains

Le réchauffement climatique favorise ces maladies, notamment celles qui sont vectorielles, c’est-à-dire transmises par des arthropodes (tiques et autres insectes). L’expansion du virus de la MHE en est une conséquence car il permet aux moucherons vecteurs de la maladie de survivre sous nos latitudes. Par ailleurs, les printemps et les automnes plus doux allongent la durée d’activité des insectes et accélèrent ainsi la propagation des maladies vectorielles. La fonte du permafrost, elle aussi due au réchauffement climatique, peut libérer des bactéries ou virus inconnus et potentiellement pathogènes.

Le développement des transports tous azimuts à l’échelle de la planète facilite la diffusion des maladies. Des animaux contaminés voyagent, de même que des vecteurs. De simples pneus peuvent contenir de l’eau qui héberge des moustiques le temps d’une traversée d’un continent à un autre. Les fleurs qui prennent l’avion en Afrique ou en Amérique latine cachent des insectes qui arrivent aux Pays-Bas avec elles. Le virus de la fièvre aphteuse peut être transporté par des personnes. Cette maladie est endémique aux portes de l’Europe, en Turquie notamment, un pays dont de nombreux ressortissants viennent travailler dans l’Union européenne. Les exemples sont multiples. Les pays du Sud, notamment les zones tropicales ou subtropicales, offrent une vaste biodiversité, y compris des bactéries, virus ou parasites potentiellement pathogènes. C’est là que se trouvent la plupart des sources des maladies émergentes. Dans ces pays souvent assez pauvres, les moyens de dépistage et de lutte font défaut. De plus, la déforestation y favorise le rapprochement entre les populations sauvages et l’homme. Les maladies suivent. La DNC vient d’Afrique australe. Elle s’est répandue dans le nord et à l’est du continent avant de passer au Moyen-Orient puis dans le Caucase et en Turquie. Elle est entrée en Europe par la Grèce et a poursuivi son chemin vers les Balkans. La FCO vient aussi des régions subtropicales et a probablement suivi des routes commerciales avant de se répandre en Europe.

Virus mutants et bactéries résistantes

Hormis l’ESB dans les années 2000, la France n’a pas été touchée par des zoonoses, ces maladies animales transmissibles à l’homme. Mais ce risque ne peut être exclu (lire encadré, page 14). Par ailleurs, les virus, surtout ceux à ARN (FCO, grippe aviaire, etc.), mutent fréquemment avec le risque de voir leur pouvoir pathogène augmenter. Ils peuvent aussi se recombiner avec des virus de la même famille ce qui peut conduire à les rendre capables d’infecter des humains. Du côté des bactéries, la multiplication des antibiorésistances accroît également les risques, tant pour la santé humaine qu’animale. Enfin, la concentration des élevages et le manque de diversité génétique favorisent la contagion et fragilisent les animaux. Ces maladies peuvent avoir des conséquences considérables sur l’économie agricole et bien évidemment sur les éleveurs. L’abattage des troupeaux représente un véritable traumatisme. La France, excentrée à l’ouest du continent européen, bénéficie d’une certaine protection, même si ses ports peuvent aussi offrir des portes d’entrée aux maladies. Le plus souvent, nos voisins sont contaminés avant nous, et ont donc pris de l’avance dans l’identification.

L’action collective est cruciale

Face à ces dangers multiples et croissants, des stratégies et des réglementations se sont mises en place à l’échelle des États, des continents ou de la planète. Les auditions réalisées par le Sénat ou l’Assemblée nationale visant à dresser un bilan de la DNC sont riches d’enseignements sur les atouts et faiblesses de la surveillance sanitaire en France.

Les parents des éleveurs qui s’installent aujourd’hui ont vécu l’éradication de la brucellose ou de la tuberculose, avec toutes les contraintes que cela impliquait. Ces efforts font qu’aujourd’hui ces maladies ont disparu de nombreuses régions en France. « Dans le passé, on a fait face aux crises sanitaires grâce à l’action collective des professionnels », rappelle Laurent Kerlir, président de la chambre d’agriculture de Bretagne. La nouvelle génération ne doit pas ignorer que cela n’a été possible qu’en s’appuyant sur la science.

L’organisation sanitaire animale a vécu un tournant en France lors des états généraux du sanitaire en 2010, qui ont renforcé les rôles des GTV et GDS. Elle a été complétée par un règlement européen en 2021, connu sous le nom de « loi de santé animale ». Ce texte hiérarchise et classifie les maladies en fonction de leur impact sanitaire (voir l’infographie ci-contre). Il définit aussi les règles à respecter obligatoirement pour chacune. Le premier pilier de la réglementation européenne repose sur la surveillance par les détenteurs d’animaux. Les éleveurs se trouvent en première ligne pour identifier les animaux malades. Il leur revient de donner l’alerte en appelant leur vétérinaire quand ils se trouvent face à un cas inhabituel. Sans ce signalement, la maladie va s’étendre.

Une défiance délétère envers la science et les autorités

Une fois qu’une nouvelle maladie est repérée, la déclaration par les éleveurs touchés est essentielle pour endiguer l’épidémie. Cela ne va pas de soi pour certains. En Bretagne, l’été dernier, Thierry Le Falher, directeur du GDS, constatait que certains éleveurs ne déclaraient pas la FCO dans leur troupeau. Ce qui a aussi été observé avec la DNC. On peut comprendre qu’ils hésitent, sachant que leur troupeau sera aussitôt abattu. Mais comment douter que c’est la seule issue ? La maladie ne disparaîtra pas toute seule. Cette réticence traduit également un manque de confiance dans le protocole d’éradication mis en place et donc dans les autorités qui le portent. Le bilan du passage de la DNC l’an dernier montre que la désinformation a rapidement inondé les réseaux sociaux, rendant difficilement audible la parole scientifique. La surenchère syndicale s’en est mêlée pour mettre en doute le protocole d’éradication. Auditionné à l’Assemblée nationale, Olivier Debaere, docteur vétérinaire et directeur de crise à la Direction générale de l’alimentation (DGAL), a décrit « le défi que représente le fait, pour les autorités publiques et les scientifiques, d’être audibles et de rétablir la vérité face à l’explosion des fausses informations et des menaces via les réseaux sociaux ».

Un maillage vétérinaire insuffisant

Ce contexte va probablement perdurer et dès lors compliquer la lutte contre une prochaine maladie émergente. La méconnaissance peut avoir un impact sur la circulation d’une maladie. Lors des auditions à l’Assemblée nationale sur la DNC, plusieurs intervenants ont estimé que les manifestations d’agriculteurs « pouvaient contribuer à disséminer la DNC dans d’autres zones géographiques par le transport soit de mouches contaminées dans les voitures, soit de substances souillées sur les chaussures des manifestants ». Par ailleurs, personne n’ignore que le maillage vétérinaire se délite. Moins nombreux, les vétérinaires ruraux sont débordés. Difficile dans ce cadre de leur demander d’assumer des missions supplémentaires. Or la surveillance et les plans de lutte s’appuient sur eux. Ils sont les premiers interlocuteurs des éleveurs sur le plan sanitaire. Ils sont aussi très bien placés pour les convaincre de jouer leur rôle de sentinelle et, surtout, ils sont sur le terrain pour voir les cas de maladies « bizarres ».

Selon Raphaël Guatteo, enseignant-chercheur en gestion de la santé des bovins à Oniris, le maillage sanitaire local est essentiel pour appliquer les mesures d’endiguement de la DNC, mais également pour expliquer la situation et la pertinence de la réglementation aux éleveurs.

Quand une nouvelle maladie est détectée, le dispositif de gestion de crise se met en mouvement en suivant les protocoles prédéterminés. La loi définit les responsabilités des différents acteurs. Des accompagnements financiers sont prévus pour les éleveurs et les vétérinaires. La plateforme d’épidémiosurveillance compte 31 groupes de travail pour différentes maladies. Elle effectue une veille sanitaire internationale et diffuse des bulletins d’informations. Dès qu’elle a connaissance d’un cas suspect quelque part, elle informe largement, ce qui oriente les vétérinaires confrontés à un cas similaire.

De plus, la loi de santé animale européenne impose des restrictions de mouvements d’animaux pour la plupart des maladies surveillées. Mais cela s’avère difficile à contrôler. Dans le cas de la DNC, malgré le fait que plus de 10 000 contrôles aient été effectués par la gendarmerie, il est établi que les foyers d’Occitanie sont dus à des transports illégaux d’animaux. Là aussi, les éleveurs ont un rôle à jouer. « À eux de s’assurer qu’ils n’achètent pas d’animaux venant d’une zone touchée par une maladie si eux-mêmes se trouvent en zone indemne », lance Grégoire Kuntz, du GDS Bretagne.

La recherche manque de moyens

La vaccination offre une solution pour certaines maladies émergentes. La banque des vaccins de l’Union européenne stocke des doses pour l’ensemble des maladies classées en catégorie A. En cas de crise, les États membres peuvent en demander. Mais, là encore, l’efficacité repose sur la solidité des réseaux locaux, sur la disponibilité des vétérinaires et sur le volontarisme des éleveurs. « En Bretagne début août, la FCO circulait à plein, mais seulement 10 % des bovins étaient vaccinés, déplore Grégoire Kuntz. Cela montre l’étendue du travail de communication qui reste à réaliser auprès des éleveurs. »

Autre faille dans l’organisation, la recherche scientifique manque de moyens depuis de nombreuses années. Pour la DNC, par exemple, les tests de dépistage sont inefficaces sur les animaux asymptomatiques. Par ailleurs, les insectes vecteurs sont insuffisamment connus. Le dispositif de protection sanitaire souffre donc de lacunes dont certaines sont apparues au grand jour avec la DNC. Les Assises du sanitaire devaient y remédier en prenant en compte le réchauffement climatique et la hausse des échanges mondiaux. « L’enjeu est de rendre le dispositif moins vertical, plus proche du terrain », explique Marie-Christine Le Gal, de la DGAL. Une nécessité pour retrouver la confiance des éleveurs. Lancées par Annie Genevard le 30 janvier 2025, elles devaient aboutir à la fin de l’année à la signature de contrats sanitaires de filières. Elles ont été repoussées, mais devraient reprendre en 2026.